Biểu hiện chính của bệnh là có sốt cao và kèm theo các triệu chứng liên quan đến tổn thương hệ thần kinh trung ương bao gồm: nhức đầu dữ dội, buồn nôn và nôn mửa, cứng cổ, lú lẫn, mất định hướng, thay đổi nhân cách, co giật, rối loạn nghe nói, ảo giác, mất trí nhớ, đờ đẫn, hôn mê... Người già và trẻ em là những người có nguy cơ cao bị mắc bệnh nặng, biến chứng và tử vong.

Về nguyên nhân tại nước ta, các căn nguyên gây viêm não thường là các vi rút arbo (trong đó có vi rút viêm não Nhật Bản), vi rút herpes, các vi rút đường ruột (như EV 71 gây bệnh tay chân miệng), sởi, quai bị và các vi rút khác mà ta chưa biết rõ, ... Do các triệu chứng lâm sàng rất khó phân biệt giữa các chủng vi rút do đó việc chẩn đoán nguyên nhân phải thông qua việc xét nghiệm xác định vi rút.

Như vậy, bệnh viêm não Nhật Bản chỉ là một trong những nguyên nhân phổ biến gây bệnh viêm não vi rút ở nước ta. Từ trước những năm 1997, khi nước ta bắt đầu triển khai tiêm vắc xin phòng bệnh viêm não Nhật Bản, nguyên nhân gây viêm não vi rút chủ yếu là vi rút viêm não Nhật Bản chiếm tới 61,3% trong tổng số các ca viêm não vào năm 1995. Nhờ kết quả phòng bệnh của chương trình triển khai tiêm vắc xin viêm não Nhật Bản tại nước ta, số trường hợp viêm não do vi rút viêm não Nhật Bản đã giảm đáng kể, đến nay chỉ còn chiếm khoảng 10-15% tổng số các trường hợp mắc bệnh viêm não vi rút. Vi rút gây viêm não Nhật Bản tồn tại trên một số loài chim, lợn, chuột... và trên muỗi. Muỗi vừa là ổ chứa, vừa là môi giới truyền vi rút sang người, muỗi truyền viêm não Nhật Bản ở Việt Nam chủ yếu là loài muỗi Culex Tritaeniorhynchus.

Tại nước ta, viêm não vi rút xảy ra rải rác quanh năm, giai đoạn năm 2001-2004 ghi nhận số mắc cao, trung bình 2.000-2.200 trường hợp/năm, 10 năm trở lại đây số trường hợp mắc viêm não vi rút trung bình giảm còn khoảng 1.000-1.200 trường hợp/năm, có từ 20-50 trường hợp tử vong. Trong đó bệnh viêm não Nhật Bản ghi nhận 200 -300 trường hợp mắc, bệnh thường tăng cao vào các tháng mùa hè.
Trong 6 tháng đầu năm 2017, cả nước ghi nhận 62 trường hợp mắc viêm não Nhật Bản, trong đó có 01 trường hợp tử vong tại tỉnh Sơn La. Số mắc rải rác, chủ yếu tại các tỉnh khu vực miền Bắc, miền Nam. Các tỉnh, thành phố có số mắc cao là Hưng Yên, Nghệ An, Hà Nội, Sơn La, Khánh Hòa, Kiên Giang và Kon Tum.

Để chủ động phòng chống dịch bệnh, ngay từ đầu mùa dịch Bộ Y tế đã có Công văn gửi chủ tịch UBND các tỉnh, thành phố đề nghị quan tâm chỉ đạo công tác phòng chống dịch mùa hè tại các địa phương; đã tổ chức các hội nghị phòng chống dịch bệnh mùa hè tại 4 khu vực để tăng cường các hoạt động phòng chống dịch; thường xuyên đăng tải các thông tin về tình hình dịch bệnh và khuyến cáo các biện pháp phòng chống trên các phương tiện thông tin đại chúng, trên trang thông tin điện tử của bộ Y tế, Cục Y tế dự phòng và đã thành lập 07 đoàn công tác đi kiểm tra công tác phòng chống dịch tại các địa phương.

Riêng đối với bệnh viêm não Nhật Bản, hiện đã được đưa vào tiêm chủng thường xuyên hàng tháng trong chương trình tiêm chủng mở rộng, được tiêm miễn phí cho trẻ 1- 5 tuổi. Bộ Y tế chỉ đạo các địa phương tăng cường quản lý đối tượng tiêm chủng, đảm bảo tỷ lệ tiêm chủng ở mức cao, đưa phần mềm quản lý tiêm chủng vào sử dụng trên phạm vi cả nước, hạn chế đến mức thấp nhất việc bỏ sót trẻ trong độ tuổi tiêm chủng không được tiêm chủng.

Đặc biệt, trong năm 2017, Bộ Y tế đã phê duyệt kế hoạch tổ chức chiến dịch tiêm vắc xin phòng viêm não Nhật Bản bổ sung cho đối tượng trẻ từ 6-15 tuổi tại 16 tỉnh, thành phố hiện đang lưu hành dịch bệnh viêm não Nhật Bản, có nguy cơ bùng phát dịch cao nhằm giảm đến mức thấp nhất số mắc và tử vong các trường hợp viêm não Nhật Bản. Mặc dù so với cùng kỳ năm 2016, số mắc viêm não Nhật Bản cả nước trong 6 tháng đầu năm 2017 giảm 11,4%. Tuy nhiên hiện nay đang vào mùa dịch nên để chủ động phòng chống bệnh viêm não vi rút, trong đó có Viêm não Nhật Bản,

Bộ Y tế khuyến cáo người dân và cộng đồng cần thực hiện các biện pháp sau:

1. Đưa trẻ đi tiêm phòng đầy đủ và và đúng lịch.

2. Thực hiện tốt vệ sinh môi trường, nhà ở sạch sẽ, vệ sinh chuồng trại chăn nuôi, chuồng gia súc phải xa nhà, diệt muỗi tại các chuồng trại gia súc, loại bỏ các ổ bọ gậy.

3. Nằm màn kể cả ban ngày và ban đêm, thường xuyên sử dụng các biện pháp xua, diệt muỗi; không để trẻ em chơi gần chuồng gia súc.

4. Thường xuyên rửa tay với xà phòng, đảm bảo an toàn thực phẩm, ăn chín, uống chín.

5. Hạn chế tiếp xúc với người bệnh và đeo khẩu trang khi chăm sóc người bệnh.

6. Nếu có các dấu hiệu: sốt cao và kèm theo những rối loạn ở hệ thống thần kinh trung ương (co giật, rối loạn vận động, lơ mơ, hôn mê …) phải đến ngay cơ sở y tế để được tư vấn và điều trị kịp thời.

Bộ Y tế